宁波市轨道交通工作机构包括宁波市轨道交通工程建设指挥部和宁波市轨道交通集团有限公司，二者统分结合、统筹运作。
指挥部于2007年底正式成立，为市政府直属正局级事业单位，集团公司于2006年底注册成立，为市国资委出资的国有独资企业，统一指挥轨道交通建设的各项工作，并承担法定主体责任，履行轨道交通工程的投资、运营和物业投资开发等职能。
集团公司下设宁波市轨道交通集团有限公司建设分公司、宁波市轨道交通集团有限公司运营分公司、宁波市轨道交通集团有限公司地产开发分公司、宁波市轨道交通物产置业有限公司、宁波智慧地铁科技有限公司、宁波市轨道交通集团有限公司综合物业服务分公司、宁波市轨道交通监测监护公司、宁波地铁产业工程有限公司、宁波市轨道交通工程咨询有限公司、宁波市轨道交通培训学院有限公司等十家分子公司。
